2006年1月9日，博鳌亚洲论坛2003年、2004年、2005年年会时用于馈赠世界各国首脑所用的国礼钧窑“天、地、人”——祥瑞瓶、乾坤瓶、华夏瓶系列作品的第一号正式被国家博物馆收藏。

　　2006年2月22日，博鳌亚洲论坛2006年年会新闻发布会暨赞助商签约仪式在北京举行。博鳌亚洲论坛与AP穆勒—马士基、微软、美林集团、澳德赛能源、东风日产公司签署协议，上述公司将为论坛2006年年会提供主要赞助。

　　2006年2月22日，博鳌亚洲论坛国际医药产业大会新闻发布会在北京举行。论坛秘书长龙永图表示，要将此次大会办成级别最高、规模最大的国际医药产业盛会。发布会上，论坛秘书处与扬子江药业集团、德国安联保险集团、美国艾康临床研究有限公司、美国百奥维达创业投资公司以及亚太健康协会签署了赞助协议。

　　2006年4月15日，博鳌亚洲论坛2006年年会指定公务用车东风风行交车仪式在博鳌亚洲论坛主会场外举行。

　　2006年4月20日，博鳌亚洲论坛发布《博鳌亚洲论坛2006年度报告》。博鳌亚洲论坛承诺，每年都将出版高质量的亚洲地区经济运行监测报告。此外，论坛秘书处宣布，论坛2006年年会各项筹备工作已基本就绪。

　　2006年4月21日，中共中央政治局常委、国家副主席曾庆红在海南博鳌会见前来出席“博鳌亚洲论坛2006年年会”的台湾两岸共同市场基金会董事长萧万长一行。

　　2006年4月21日，博鳌亚洲论坛2006年年会举行新闻发布会举行。论坛秘书长龙永图介绍说，以色列和新西兰已获论坛理事会和会员大会批准，成为博鳌亚洲论坛的发起成员国。至此，博鳌亚洲论坛发起成员国增加到至28个。

　　2006年4月22日至23日，博鳌亚洲论坛第五届年会在海南博鳌举行。年会主题为“亚洲寻求共赢：亚洲的新机会”。中国国家副主席曾庆红出席开幕大会并发表“把握亚洲新的机会 共创世界美好未来”的主旨演讲。密克罗尼西亚总统乌鲁塞马尔，斯罗文尼亚总统德尔诺夫舍克，印度尼西亚副总统优素福、等论坛理事长、菲律宾前总统拉莫斯以及A.P.穆勒-马士基首席执行官杰斯·苏德伯格出席开幕大会并致辞。开幕式由论坛秘书长龙永图主持。39个国家和地区的1400多名政要、工商界人士和专家学者出席了此次年会。

　　2006年4月22日，博鳌之夜——博鳌亚洲论坛2006年年会慈善晚宴举行。晚宴上，论坛将募集到的100万元人民币捐赠给了海南省，用来援建该省边远、贫困地区的5所贫困学校。

　　2006年4月24日，博鳌亚洲论坛秘书长龙永图在年会闭幕新闻发布会上表示，为企业家提供交流平台是博鳌论坛的价值取向，今年论坛更趋务实。今年年会就多哈回合、亚洲经济一体化、国际能源等问题进行深入讨论，首次举行“我们时代的青年领袖”特别圆桌会议，及“加强两岸经济合作，实现两岸共同繁荣——海峡两岸企业家座谈会”。今年论坛还就普通百姓关注的房地产、汽车等问题进行研讨，研讨范围分类更细，更专业。

　　2006年4月26日至27日，博鳌亚洲论坛在中国江苏省泰州市举行国际医药产业大会，主题为：“共创和谐未来：健康与繁荣”。包括哈萨克斯坦前副总统、总理捷列先科、新西兰前总理希普利等逾500名政府高官、国际组织代表、世界知名医药企业和协会、专家学者及媒体记者出席会议。

　　2006年11月13日，博鳌亚洲论坛与日本国际交流基金会在日本京都共同举办亚洲文化合作交流研讨会。这是论坛第一次在日本举办会议。逾200名代表出席，会议就全球化、文化和亚洲共同价值观等问题进行了热烈讨论，对推动亚洲一体化、促进亚洲各国的相互理解具有积极意义。

　　2006年11月24日至25日，为汲取发达国家在发展过程中的经验与教训，促进发展中国家尤其是亚洲国家的可持续发展，博鳌亚洲论坛与广东省深圳市政府联合举办循环经济国际峰会。会议特邀美、英、日、韩等国的循环经济专家和企业领导人到会，与600多名代表展开广泛探讨。